申请合同备案
报关员应在对外签订的来料加工贸易合同自批准之日起1个月内持下列单证向海关
申请办理合同登记备案手续。
①国家外经贸主管部门批准企业成立的文件；
②海关颁发的《报关注册证明书》；
③经营单位的公章、报关专用章、合同章和更改章等印模及报关员证件的复印件；（以上为首次开展来料加工贸易业务企业必须递交的单证）；
④审批部门的批准文件或合同备案证明书（如需以外贸易经济合作部批准立项的项目，还应提供外经贸部批准立项的文件）；
⑤加工单位或外贸（工贸）公司的营业执照；
⑥税务机关签发的税务登记证；
⑦对外签订的正式合同副本和料件清单、耗料定额等；
⑧申请单位向海关购买后填写的签章的“对外加工装配进出口货物登记手册”；
⑨海关认为必要的其他单证如保函。
接受审核
加工企业应接受海关对其单证及加工场所、设备等的审核和勘察，特别是首次申请开办加工装配业务，或开展当前敏感性商品加工项目的企业，应该向海关详细介绍企业生产能力、加工工艺、生产组织形式、经营决策机制和企业会计帐册制度等企业基本情况，以便海关对企业的资信进行评估，为海关分类管理企业提供依据。
领取“登记手册”
合同登记备案的目的是为了最后取得通关资格。因此，凡被确认为符合国家政策规定，符合海关监管要求的合同，均可向海关领取已盖主管海关合同备案专用章及手册编号的“对外加工装配进出口货物登记手册”。
报关员凭此手册向口岸海关办理加工装配合同项下料件、设备进口和加工成品出口通关手续。
报关员应妥善保管“登记手册”，如有遗失，应及时向主管海关报告，并将有关原进出口货物的单证交主管海关，经海关核查情况属实的，予以补发。在海关补发“登记手册”前，有关货物不得进出口。